延边大学高等教育研究所始建于1983年12月。2013年10月,根据校党委《关于部分内设机构调整的通知》(延大党委 [ 2013 ] 43号),原与民族教育研究所合署办公的高等教育研究所挂靠发展规划处。其主要职能是:根据国内外高等教育研究领域的前沿课题及学校的实际需要开展对教育科学的理论研究,重点研究民族高等教育的历史、现状、特点和发展规律;开展各级各类教育科学研究课题管理工作、优秀成果评奖等;聘任本所兼职研究人员;承担吉林省高等教育研究基地——民族高等教育研究基地的建设任务;负责学校“高教改革与发展研究网”的建设和管理等。现任所长由学校发展规划处金洙成处长兼任。
高教所立以来,在主管校长的直接领导下,组织广大教职员工积极开展高等教育研究,先后聘请了十六名专家学者为兼职研究员,在朝鲜族高等教育史研究、朝鲜族高等教育发展战略研究、朝鲜族高等教育理论与实践研究及地方高校教育体制、运行机制、办学模式等方面进行积极探索并取得了一批标志性成果。除此之外,还组织专兼职人员先后出版了《延边大学校史》、《延边大学大事记》、《朴奎灿评传》(延边人物评传丛书)、《朝鲜族教育的现状及热点问题研究》、《21世纪民族教育前沿问题研究》等。
近年来,高等教育研究所积极发挥平台聚合作用,致力于理论创新、人才培养和学术交流,打造学术共同体,为繁荣学校高等教育研究,推动深化改革实践,提升办学质量做出了积极贡献。高教所在2008年(第二届)、2015年(第四届)、2017年(第五届)先后三次被中国高等教育学会评为全国优秀高等教育研究机构。